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计算机科学与技术系是在厦门大学计算数学等专业的基础上于1982年成立，是国内最早的同类科系之一，曾用名为计算机与系统科学系和计算机科学系，先后设有计算机软件、控制理论和系统工程等专业;1991年，根据学科发展需要，分别成立了计算机科学系和系统科学系。2001年获批另行成立国家示范性软件学院。2007年，智能科学与技术系另行成立，2021年改名计算机科学与技术系(简称计算机系)。
计算机科学技术系拥有完整的高端人才培养体系，包括博士后科研流动站、工学博士、工程博士、工学硕士及工学学士授予点，招收博士生、学术型、专业型硕士生及计算机技术工程硕士生、本科生等。计算机系涵盖两个一级学科：计算机科学与技术，网络空间安全。三个二级学科： 计算机应用技术，计算机软件与理论，计算机体系结构。计算机科学与技术为福建省重点一级学科,计算机软件与理论及软件工程为省重点二级学科，是国家“卓越工程师计划”人才培养单位，计算机科学与技术本科专业为国家一流本科专业。曾先后获得国家“211工程”一期、二期和“985工程”一期、二期创新研究平台项目支持，其中视频与图像信息处理是立项支持的重点研究方向之一。
计算机系现设有三个研究所(与三个二级学科对应)和一个公共计算机教学部。公共计算机教学部承担全校理工、经济、人文、艺术等非本学科各学院各系的计算机基础和程序设计课程。
计算机系拥有富有活力、实力雄厚的师资队伍， 45岁及以下年青教师占近80%，未来每年还将持续引进多批次高水平人才。计算机系在软件算法与理论、未来视频技术、计算机视觉与机器学习、数据库理论及其应用、大数据处理与计算智能、医学信息处理与数字医疗技术、空间感知与遥感信息处理、计算机网络与信息安全、智能系统、智能多媒体技术、数据挖掘方法、系统软件与软件工程、计算方法及应用、生物信息处理、高性能存储系统等具体方向上开展了卓有成效的研究工作。近五年已在国内外有影响力的学术刊物上发表数百篇文章(SCI、EI收录检索的论文)，包括IEEE Trans. PAMI, IEEE Trans. on Computers, IEEE Trans. on VCG, IEEE Trans. on IP，计算机学报，软件学报，CCF A类会议IJCAI, ACM Multimedia等，获得省部级奖3项。计算机系教师积极开展科学研究，已经完成或正在承担一大批科研项目，包括海峡联合基金项目、国家973子题、国家863计划项目、国家自然科学重大仪器专项、面上基金、青年基金、福建省科技重大项目基金、总装预研项目，以及较大量的企事业单位委托项目等。
